Svoje korijene knjižnica Katoličkoga bogoslovnog fakulteta vuče od vremena isusovačkog “Kolegija”. No, nažalost, ne i kontinuitet fonda. Razna povijesna događanja s Fakultetom utjecala su na Knjižnicu tako da ona svoj stvarni kontinuitet u dijelu fonda može prepoznavati tek od 1784., od odvajanja Bogoslovnog fakulteta iz “Kraljevske akademije znanosti” i preseljenja u bogoslovno sjemenište, kad mu je diobom pripao dio “Akademijina” knjižnog fonda. Ukinućem biskupijskih sjemeništa, po caru Josipu II, 1787. studenti i fond Knjižnice preseljeni su u Požun i Peštu. Nakon ponovne obnove sjemeništa, biskup Vrhovec vraća dio fonda Knjižnice, čak i otkupom, te on tada ulazi u sastav Metropolitanske knjižnice. Tako potpuni kontinuitet Knjižnica održava tek od 1874. kada Bogoslovni fakultet, i dalje kao podstanar u sjemenišnim prostorima, započinje s radom u okviru novoosnovanoga Zagrebačkog sveučilišta.

Knjižnica je u svom rastu bila neprestano ometana povijesnim nepogodama. Značajnije se obogatila tek kada joj je nakon 1964. pripojena nekadašnja knjižnica udruženja “Hrvatske bogoslovske akademije”. Pošto je 1970-ih dobila adekvatnije spremišne prostore i čitaonicu (na Kaptolu 29), od 1982. započela je suvremeni razvoj. No, tek je povratkom Katoličkoga bogoslovnog fakulteta 1992. u Zagrebačko sveučilište, Knjižnica dobila bolje materijalne uvjete i stručne kadrove.

Fond Knjižnice KBF-a procjenjuje se na preko 50 000 svezaka (oko 35 000 naslova dostupno je na On-line katalogu). Knjižnica broji oko 1500 naslova periodike, od kojih je oko 200 tekućih časopisa u otvorenom pristupu, te prima oko 1000 knjiga godišnje. Od 1997. započele su intenzivne pripreme za kompjutorsku obradu (izrada tezaurusa za predmetnu obradu) te izgradnja interne kompjutorske mreže (LAN). Od 1999. započela je kompjutorska obrada fonda u programu na bazi ISIS-a, u Windows okruženju, te intenzivnije pripreme za izlazak na Internet.

Knjižnica KBF-a se u lipnju 2005. preselila u preuređene prostore u sklopu Međubiskupijskog sjemeništa na Šalati. Iako joj nedostaje osoblja za intenzivniju obradu starijeg fonda i za rad s korisnicima, ipak uspješno opslužuje oko 1000 studenata KBF-a i njegovih Instituta, studente s drugih fakulteta, mnoge profesore te kulturne i javne djelatnike.