Patafta, Daniel, Prilike gospodarstva grada Rijeke od 1918. do 1924. godine. // Ekonomska i ekohistorija: časopis za gospodarsku povijest i povijest okoliša, 1 (2005) 1, 115-137.

Patafta, Daniel, Privremene vlade u Rijeci (listopad 1918. – siječanj 1924.). // Časopis za suvremenu povijest, 38 (2006) 1, 197-222.

Patafta, Daniel, Filozofski i teološki rukopisi u knjižnici Franjevačkog samostana u Čakovcu // 350 godina franjevaca u Čakovcu / Hranjec, Stjepan (ur.), Čakovec, Franjevački samostan Čakovec, 2010.

Patafta, Daniel, Zasade jozefinističkog prava o odnosu Crkve i države u spisu Marijana Lanosovića // Zbornik 300 godina visokog školstva u Osijeku / Hoško, Emanuel – Pintarić, Ana (ur.), Osijek, Filozofski fakultet Sveučilišta Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku, 2011. 73-79.

Patafta, Daniel, Franjevci na području Sisačke biskupije od 13. do 20. stoljeća //Antiquam Fidem. Zbornik radova / Tepert, Darko – Jurić, Spomenka (ur.), Zagreb, Glas Koncila, 2011, 231-255.

Patafta, Daniel, Antun Bačić kao predavač filozofije i moralne teologije // Zbornik o fra Antunu Bačiću / Melnik, Tatjana (ur.), Slavonski Brod-Našice, HIP-Podružnica Slavonski Brod, 2013.

Patafta, Daniel, Elementi jozefinističkog prava o odnosu Crkve i države u spisu Jus publicum ecclesiasticum. // Croatica Christiana periodica, 37 (2013) 72; 116-127.

Karlić, Ivan; Patafta, Daniel, Teološke teme u djelu “Istina katolicsanska” fra Antuna Bačića // Zbornik o Emeriku Paviću.  Zbornik radova sa znanstvenog skupa: „Emerik Pavić i franjevci u kontinentalnoj Hrvatskoj“, Osijek, 23.-25. svibnja 2013. / Knezović, Pavao – Jerković, Marko (ur.), Zagreb, Hrvatski studiji Sveučilišta u Zagrebu, 2014. 303-322.

Patafta, Daniel, Obnova franjevačkog Trećeg reda u Hrvatskoj u prvoj polovici 20. stoljeća. // Croatica Christiana periodica, 38 (2014.) 74; 91-115.

Patafta, Daniel, Hrvatski katolički tisak o progonima Crkve u Meksiku (1926.-1929.). // Croatica Christiana periodica, 38 (2014) 73; 145-164.

Patafta, Daniel, Ekumenska gibanja u Hrvatskoj neposredno nakon Drugog vatikanskog koncila. // Bogoslovska smotra, 84 (2014) 4; 851-879.

Patafta, Daniel, Progoni bosanskih grkokatolika u Kraljevini SHS/Jugoslaviji na stranicama tadašnjeg katoličkog tiska. // Croatica Christiana periodica, 39 (2015) 75, 157-183.

Patafta, Daniel, Hrvatska crkvena historiografija o kontinentalnim franjevcima u srednjem vijeku. // Riječki teološki časopis, 23 (2015) 1, 131-166.

Patafta, Daniel, Historiografski doprinos Franje Emanuela Hoška povijesti kontinentalnih franjevaca od 16. do 18. stoljeća. // Podravina: časopis za multidisciplinarna istraživanja, 14 (2015) 27, 226-237.

Patafta, Daniel, Roger Bacon: Vrijeme i život // Fra Roger Bacon. Zbornik radova s prvoga znanstvenog skupa Franjevački velikani / Karlić, Ivan – Bašić, Mate (ur.), Zagreb, Brat Franjo, 2015.

Patafta, Daniel, Izidor Kršnjavi, Štefa Iskra i hrvatski franjevci // Iso Kršnjavi-veliki utemeljitelj / Zlatko Matijević – Ivana Mance (ur.), Zagreb, Hrvatski institut za povijest, 2015.

Daniel Patafta – Slavko Slišković, “Dijecezanske sinode – primjer provođenja posttridentske obove”, u: Tridentska baština i konfesionalizacija u hrvatskim zemljama, Zrinka Blažević, Lahorka Plejić Poje (ur.), Zagreb, 2016., 121-140.

Daniel Patafa, “Prenositelj europskog medicinskog iskustva: fra Franjo Gracić (1740.-1799.)”, u: Ljudi 18. stoljeća na hrvatskom prostoru , Zagreb, 2016., 451-454.

Daniel Patafa, “Fra Bono Benić (o. 1708.-1785.) i prijelomni trenuci Bosne Srebrene”, u: Ljudi 18. stoljeća na hrvatskom prostoru , Zagreb, 2016., 268-273.

Daniel Patafa, “Pučki pjesnik i prosvjetitelj fra Andrija Kačić Miošić (1704.-1760.)”, u: Ljudi 18. stoljeća na hrvatskom prostoru, Zagreb, 2016., 260-267.

Daniel Patafta, “Reformi pokret i starokatolicizam u Koprivnici”, u: Podravina, 15 (2016.) 30, 174-198.

Daniel Patafta, “Milosrđe u spisima Franje Asiškog i Bonaventure Banjoređijskog”, u: Bogoslovska smotra,  86 (2016) 4, 847-875.

Daniel Patafta, “Reformacija u hrvatskim zemljama”, u: Communio, 42 (2016.) 127, 82-90.

Daniel Patafta, “Franjevci u Bačkoj i Srijemu povijesna perspektiva i poticaj za budućnost”, u: 300. obljetnica osnutka franjevačke rezidencije u Subotici. A Szabatkai Ferences Rezidencia 300., Bela Tonković (ur.), Subotica, 2017., 199-2014.

Daniel Patafta, “Opatija Topusko u kontekstu duhovnosti i života cistercita”, u: Štovanje Bogorodice na području Sisačke biskupije, Nedjeljka s. Valerija Kovač (ur.), Zagreb, 2017., 109-139.

Daniel Patafta, “Hrvatski liberalni tisak o reformnom pokretu dijela nižeg katoličkog klera (1918.-1923.)”, u: Pilar, 11 (2017.) 1, 11-44.

Daniel Patafta, “Češki reformni pokret, nastanak Češke narodne crkve i uloga Srpske pravoslavne crkve na stranicama hrvatskog tiska”, u: Croatica Christiana Periodica, 42 (2017.) 80, 105-130.

Daniel Patafta, “Historiografska ostavština Josipa Buturca”, u: Croatica Christiana Periodica, 42 (2017.) 79, 159-174.

“Pravilo i Generalne konstitucije Franjevačkog svjetovnog reda”, Daniel Patafta (ur.), Zagreb, 2017., 172 str.

Daniel Patafta, “Trećoredski časoslov fra Jerolima Lipovčića”, u: Zbornik o Jerolimu LIpovčiću, Tamara Tvrtković – Marinko Šiško (ur.), Zagreb, 2018., 107-130.

Patafta Daniel, “Pokret franjevačkih spiritualaca u 13. i početkom 14. stoljeća”, u: Znat će da prorok bijaše među njima. Zbornik u čast prof. dr. sc. Bože Lujića, OFM povodom 70. godine života, Mario Cifrak – Stipo Kljajić (ur.), Zagreb, 2018., 739-765.

Daniel Patafta, “Ivan Rafael Rodić-Franciscan and Archbishop of Belgrade”, u: Rewiev of Croatian history, 14 (2018.), 267-294.

Daniel Patafta, “Reformna gibanja i starokatolicizam u Dalmaciji”, u: Služba Božja, 58 (2018.) 3, 319-351.

Daniel Patafta, “Muka i križ Isusa Krista u spisima Franje Asiškoga i izabranih franjevačkih teologa, propovjednika i mistika”, u: Bogoslovska smotra, 88 (2018.), 73-102.

Daniel Patafta, “Milosrđe, muka i križ kod franjevačkih pisaca”, Globe edit, 2018., 64 str.

Daniel Patafta, “Franjevačko 13. stoljeće. Povijest, teologija, duhovnost”, KS, Zagreb, 2018., 465 str.