Svoje korijene knjižnica Katoličkoga bogoslovnog fakulteta vuče od vremena isusovačkog “Kolegija”. No, nažalost, ne i kontinuitet fonda. Razna povijesna događanja s Fakultetom utjecala su na Knjižnicu tako da ona svoj stvarni kontinuitet u dijelu fonda može prepoznavati tek od 1784., od odvajanja Bogoslovnog fakulteta iz “Kraljevske akademije znanosti” i preseljenja u bogoslovno sjemenište, kad mu je diobom pripao dio “Akademijina” knjižnog fonda. Ukinućem biskupijskih sjemeništa, po caru Josipu II, 1787. studenti i fond Knjižnice preseljeni su u Požun i Peštu. Nakon ponovne obnove sjemeništa, biskup Vrhovec vraća dio fonda Knjižnice, čak i otkupom, te on tada ulazi u sastav Metropolitanske knjižnice. Tako potpuni kontinuitet Knjižnica održava tek od 1874. kada Bogoslovni fakultet, i dalje kao podstanar u sjemenišnim prostorima, započinje s radom u okviru novoosnovanoga Zagrebačkog sveučilišta.

Knjižnica je u svom rastu bila neprestano ometana povijesnim nepogodama. Značajnije se obogatila tek kada joj je nakon 1964. pripojena nekadašnja knjižnica udruženja “Hrvatske bogoslovske akademije”. Pošto je 1970-ih dobila adekvatnije spremišne prostore i čitaonicu (na Kaptolu 29), od 1982. započela je suvremeni razvoj. No, tek je povratkom Katoličkoga bogoslovnog fakulteta 1992. u Zagrebačko sveučilište, Knjižnica dobila bolje materijalne uvjete i stručne kadrove.

Fond Knjižnice KBF-a procjenjuje se na preko 120 000 svezaka od toga su u otvorenom pristupu dostupna 5 923 naslova, a 56 490 naslova dostupno je preko online kataloga. Knjižnica broji oko 1500 naslova periodike, od kojih je oko 200 tekućih časopisa. Pretplatom su obuhvaćena 82 međunarodna znanstvena časopisa na njemačkom, francuskom, talijanskom i engleskom jeziku. Razmjenom za časopise Bogoslovska smotra i Croatica christiana periodica u knjižnicu pristiže oko 105 domaćih i međunarodnih znanstvenih časopisa. Domaćom pretplatom obuhvaćeno je 15 naslova periodike.  Svake godine knjižnični fond poraste za oko 1000 knjiga, veći dio nabavlja se kupnjom, dok manji dio darom dobročinitelja. Knjižnični fond obogaćen je legatima, odnosno ostavštinama, među kojima se posebno ističu ostavštine: biskupa Đure Kokše, prof. dr. Marijana Valkovića, prof. dr. Adalberta Rebića, prof. dr. Henricha Badure.

Od vrijednih enciklopedijskih i teoloških nizova u fondu Knjižnice mogu se pronaći: Corpus christianorum, Quaestiones disputatae, Stuttgarter Bibelstudien, Migne – Patrologia latina et graeca, Acta Sanctorum, Dictionaire de spiritualite, Enciclopedia del diritto,  Realencyclopädie der classischen Altertumswissenschaft i još mnogi drugi.

Od 1999. do 2010. godine za obradu knjižničnog fonda koristila se programska podrška WinISIS-a, a od 2011. godine programska podrška Zaki.

Uz bibliografske zapise, izrađujemo normativu autora i predmetnih oznaka, koja sadrži oko 23 000 normiranih teoloških i srodnih pojmova, koji su neizmjeran doprinos katalogu i uvelike olakšavaju njegovo pretraživanje.

Knjižnica KBF-a se u lipnju 2005. preselila u preuređene prostore u sklopu Međubiskupijskog sjemeništa na Šalati. Iako joj nedostaje osoblja za intenzivniju obradu starijeg fonda i za rad s korisnicima, ipak uspješno opslužuje oko 1000 studenata KBF-a i njegovih Instituta, studente s drugih fakulteta, mnoge profesore te kulturne i javne djelatnike.