Čelništvo Katoličkoga bogoslovnoga fakulteta čine Veliki kancelar i Uprava Fakulteta.
Službu velikoga kancelara Fakulteta obnaša redovito dijecezanski biskup Zagrebačke nadbiskupije ili, ako je stolica spriječena ili prazna, onaj koji zamjenjuje dijecezanskog biskupa Zagrebačke nadbiskupije. Veliki kancelar predstavlja Svetu Stolicu pred Sveučilištem, pred samim Fakultetom i ujedno predstavlja Fakultet pred Svetom Stolicom. Brine se za očuvanje i napredak izvorne kršćanske misli i života kao i za zajedništvo s općom i partikularnom Crkvom.