Cjelokupni licencijatski i doktorski program temelji se na četiri znanstveno-nastavna teološka područja – biblijskom, povijesnom, sustavnom i praktičnom –  unutar kojih je kao temeljni ustrojbeni oblik znanstveno-nastavnoga rada ustrojeno 14 katedri na kojima se koncipiraju, oblikuju i ostvaruju suvremeni studijski programi svih triju ciklusa.

Licencijatski i doktorski studij teologije uključuje one grane teologije koje se, strukturirane u katedre, na svim studijskim smjerovima izvode na KBF-u. Četrnaest postojećih katedri uključeno je u izvođenje sedam modula koncipiranih kao znanstveno-istraživačka područja, koja su sastavni dio Strateškog programa znanstvenih istraživanja KBF-a:

1. Suvremene perspektive odnosa filozofije i teologije
2. Koncilska istraživanja i obnova Crkve
3. Sustavna teologija pred znakovima vremena
4. Etičko-moralna i društvena relevantnost teologije i Crkve
5. Ekumenski i međureligijski dijalog
6. Suvremeni pastoralni izazovi između teorije i prakse
7. Crkva i teologija tijekom povijesti.

Prije upisa u I. godinu Licencijatskog i doktorskog studija teologije, student mora izabrati jedan od sedam ponuđenih modula/specijalizacija. Program je individualiziran, tj. u središtu programa koji student upisuje jest područje/tema njegova licencijatskog/doktorskog istraživanja s kojom su optimalno usklađene sve ostale aktivnosti studenta.

Licencijatski i doktorski studij teologije izvodi se kao studij s punim radnim vremenom (full-time) i studij s dijelom radnoga vremena (part-time). Cjelokupni studij traje šest semestara. Studij u punome radnom vremenu u pravilu traje tri godine, a iz opravdanih razloga može se produžiti do pet godina. Studij s dijelom radnog vremena traje najviše pet godina, a iz opravdanih razloga, može se produžiti do sedam godina.

Licencijatski i doktorski studij teologije sastoji se od dva ciklusa. Ciklus licencijata traje dvije godine ili četiri semestra. Drugi ciklus, odnosno doktorska godina, traje jednu godinu ili dva semestra.

Prilikom upisa Licencijatskog i doktorskog studija teologije kandidat odlučuje želi li steći akademski stupanj licenca ili doktora teologije. Student koji se odluči za stupanj licenca teologije svoj poslijediplomski studij može završiti nakon odslušanih i položenih dviju godina studija i napisanog i obranjenog licencijatskog rada („završni“ licencijat). Ako, međutim, nakon toga ipak želi pisati i doktorski rad, ovaj Licencijatski i doktorski studij teologije to mu omogućuje, ukoliko zadovoljava propisane uvjete . U tom slučaju licenc upisuje treću doktorsku godinu.

Ukoliko student prilikom upisa Licencijatskog i doktorskog studija teologije ima namjeru završiti cjelokupni trogodišnji program studija, tj. studij želi završiti postizanjem akademskog stupnja doktorata, nije dužan pisati licencijatski rad, ali je dužan položiti licencijatski ispit za doktorande. Međutim, u tom slučaju, student nema mogućnost završetka poslijediplomskog studija nakon dviju godina studija, nego, za završetak studija s akademskim stupnjem licenca mora zadovoljiti uvjete za stjecanje akademskog stupnja licenca, tj. mora obraniti licencijatski rad.

Proces licencijatske i doktorske izobrazbe organizira se i provodi u okviru primarno triju bodovnih skupina. Strukturu opterećenja Licencijatskog i doktorskog studija čine:

• nastava
• znanstveno-nastavne aktivnosti (akademska praksa)
• znanstveno-istraživački rad.

Uvjeti za napredovanje u višu godinu studija

I. godina

• Pri upisu studentu se u skladu s njegovim prijedlogom o području /temi istraživanja (proposal project) dodjeljuje studijski savjetnik/ potencijalni mentor. Studijski savjetnik/ mentor pomaže studentu izraditi inicijalni plan obveza (doktorandski portfolio/ licencijandski portfolio).
• U prvoj godini student upisuje 2 zajednička predmeta, 5  predmeta iz odabranoga istraživačkog područja, te jedan seminar/ radionicu.  Tijekom prve godine student je dužan odslušati sve predmete i izvršiti zadane obveze. Grupa obveznih predmeta obuhvaća 2 zajednička predmeta i 3 predmeta unutar modula/ istraživačkog područja. 
• U dogovoru s studijskim savjetnikom/mentorom student sudjeluje u znanstveno-nastavnim aktivnostima.
• Ako to nije učinjeno na početku godine, student licencijand dužan je najkasnije na početku drugog semestra izabrati temu i mentora licencijatskoga rada. Temu istražuje pod vodstvom mentora u okviru istraživačkoga seminara.  U okviru toga seminara također, pred studentima, mentorom i drugim nastavnicima/ mentorima izlaže rezultate rada.

II. godina

• Licencijand upisuje jedan predmet i dva seminara u dogovoru sa studijskim savjetnikom/ mentorom (prema planu obveza).
• Doktorand upisuje dva predmeta i dva seminara u dogovoru sa studijskim savjetnikom/ mentorom. Tijekom druge godine student je dužan odslušati upisane predmete i izvršiti zadane obveze.
• Na početku druge godine doktorand brani temu doktorskoga rada i imenuje mu se mentor. (Dr. sc. 01 i Dr. sc. 02. – OBAD)
• U okviru istraživačkoga seminara student (licencijand i doktorand) pred studentima, mentorom i drugim nastavnicima/ mentorima minimalno jednom semestralno izlaže rezultate istraživanja na temi licencijatskoga/doktorskoga rada.
• U dogovoru s mentorom student sudjeluje u znanstveno-nastavnim aktivnostima.
• Nakon ispunjenih svih propisanih obveza te napisanoga rada licencijand pristupa obrani licencijatskog rada.
• Na kraju godine doktorand i mentor predaju godišnje izvješće (Dr. sc. 04 i Dr. sc. 05)

III. godina

• U okviru istraživačkoga seminara (doktorske radionice) doktorand pred studentima, svojim i drugim mentorima te drugim nastavnicima minimalno jednom semestralno izlaže rezultate istraživanja na temi doktorskoga rada.
• U dogovoru s mentorom doktorand sudjeluje u znanstveno-nastavnim aktivnostima.
• Tijekom 5., a najkasnije tijekom  6. semestra doktorand na temelju literature pred trojicom profesora polaže licencijatski ispit za doktorande iz odabranog područja istraživanja/ grane teologije i prezentira rezultate doktorskog istraživanja. Položeni ispit uvjet je za ocjenu i obranu doktorskoga rada.
• Prije ocjene i obrane doktorskoga rada doktorand sudjeluje izlaganjem na barem jednom znanstvenom skupu, te objavljuje najmanje jedan znanstveni rad samostalno ili u koautorstvu u časopisu ili zborniku radova s recenzijom.
• Na kraju godine doktorand i mentor predaju godišnje izvješće (Dr. sc. 04 i Dr. sc. 05)
• Doktorandi koji su već postigli akad. stupanj licenca teologije, tj.  upisuju samo 3. god. doktorskog studija, na početku semestra biraju mentora, prijavljuju  i brane temu doktorskoga rada (Dr. sc. 01 i Dr. sc. 02).

 Uvjeti za prihvaćanje teme doktorskog rada

U redovitom studijskom procesu tema licencijatskoga rada prijavljuje na  početku II. semestra. Tema se može prijaviti najkasnije do isteka druge godine od upisa u prvi semestar. Povjerenstvo za licencijatske i doktorske radove (u daljnjem tekstu Povjerenstvo), može produljiti rok za prijavu rada najviše za još jednu akademsku godinu. Način i sadržaj prijave teme za licencijat određen je Pravilnikom. Prijavu teme razmatra  Odbor koji temu može prihvatiti, odbiti ili pak u dvojbenom slučaju zatražiti recenziju od Povjerenstva za osiguravanje kvalitete, a od studenta da temu promijeni ili dopuni. Temeljem konačnoga mišljenja, Povjerenstvo temu predlaže Fakultetskom vijeću koje donosi odluku o prihvaćanju teme. Ako Fakultetsko vijeće predloženu temu prihvati, studentu potvrđuje mentora koji je prethodno dao svoju suglasnost o prihvaćanju mentorstva. Ako pak Fakultetsko vijeće temu ne prihvati, student ima pravo, uz prethodnu suglasnost mentora, prijaviti novu temu u roku od jedne akademske godine od dana odluke o povlačenju teme, pod uvjetima određenima u Pravilniku. Kada student stekne uvjete propisane nastavnim programom, ima pravo predati licencijatski rad na ocjenjivanje. Student je dužan predati licencijatski rad najkasnije u roku od dvije godine od dana prihvaćanja teme. Student može, iz opravdanih razloga (navedenih u Pravilniku), zatražiti produljenje roka za predaju rada s istom temom. Student koji nije obranio licencijatski rad u roku od pet godina, podliježe ponovnom postupku predlaganja i prihvaćanja nove licencijatske teme. Na prijedlog Povjerenstva, Fakultetsko vijeće imenuje Ispitno povjerenstvo za ocjenu i obranu licencijatskoga rada s neparnim brojem članova čija je znanstvena, odnosno, stručna djelatnost iz područja pristupnikova licencijatskoga rada, uz napomenu da mentor ne može biti predsjednikom Ispitnoga povjerenstva. Postupak i uvjeti ocjenjivanja licencijatskog  rada kao i uvjeti i način njegove obrane, određeni su Pravilnikom.

* U redovitom studijskom procesu tema doktorskoga rada prijavljuje se početkom III. semestra.  Način i sadržaj prijave teme za doktorat, određen je Pravilnikom.Prijavu teme disertacije razmatra Povjerenstvo za licencijatske i doktorske radove, po identičnom postupku kao i kod prijave teme licencijatskoga rada. Temeljem izvješća Povjerenstva, Fakultetsko vijeće prihvaća ili odbija, ili pak vraća studentu na popravak prijedlog disertacijske teme. Student stječe pravo predati disertaciju na ocjenu nakon što zadovolji sve uvjete studija propisane nastavnim programom. Na prijedlog Povjerenstva Fakultetsko vijeće imenuje Ispitno povjerenstvo za ocjenu i obranu doktorskoga rada, koje se sastoji od tri člana. Jedan član mora biti imenovan s drugoga fakulteta. Mentor ne može biti predsjednik Ispitnog povjerenstva. Postupak i uvjeti ocjenjivanja doktorskoga rada, kao i uvjeti i način obrane doktorskoga rada određeni su Pravilnikom. Disertacija koja nije obranjena u roku od sedam godina podliježe ponovnom postupku predlaganja i prihvaćanja nove disertacijske teme. U postupku ponovnoga prihvaćanja, Povjerenstvo mora ocjenjivati novu temu disertacije na temelju obrazloženja pristupnika te glede na suvremenost problematike i metode istraživanja.

Uvjeti završetka studija

* Licencijatski studijski ciklus završava polaganjem svih ispita, ispunjenjem svih znanstveno-nastavnih aktivnosti i izradbom i javnom obranom licencijatskoga rada. Temeljem pozitivne ocjene studentu se izdaje diploma kojom se potvrđuje završetak studija i stjecanje akademskoga stupnja licenca teologije (lic. theol.).

* Isto tako, doktorski studij završava polaganjem svih ispita, ispunjenjem svih znanstveno-nastavnih aktivnosti, izradbom i javnom obranom znanstvenoga doktorskog rada (disertacije). Temeljem pozitivne ocjene studentu se izdaje diploma, kako je određeno Pravilnikom kojim se potvrđuje završetak studija i stjecanje akademskoga stupnja doktora znanosti (dr. sc.).

Teološki se predmeti imaju predavati u svjetlu vjere pod vodstvom crkvenoga učiteljstva, tako da studenti vjerno crpu katoličku nauku iz božanske objave, duboko prodru u nju, učine je hranom duhovnoga života.