Josip Baloban rođen je 17. svibnja 1949. godine u Brebrovcu, župa Slavetić, Zagrebačka nadbiskupija. Osmogodišnju školu pohađao je u Slavetiću i Petrovini (1956.-1964.). Klasičnu gimnaziju završio je na Interdijecezanskoj srednjoj školi za spremanje svećenika u Zagrebu 1968. godine. Studij dvije godine filozofije i jednu godinu teologije završio je na Katoličkom bogoslovnom fakultetu u Zagrebu (1968.-1971.), koji tada nije bio u sastavu Sveučilišta u Zagrebu. Studij teologije nastavio je na Ludwig-Maximilianovom sveučilištu u Münchenu, gdje je i diplomirao 1974. godine. 11. kolovoza 1974. godine zaređen je za svećenika Zagrebačke nadbiskupije. Od jeseni 1974. do proljeća 1976. bio je na odsluženju vojnog roka u Valjevu. 1976. godine tadašnji zagrebački nadbiskup Franjo Kuharić šalje ga na poslijediplomski i doktorandski studij u München, gdje je i doktorirao 1981. godine. Naslov disertacije bio je „Kirche in einer sozialistischen Gesellschaft. Analyse der gegenwärtigen pastoralen Situation in der Erzdiözese Zagreb (Nordkroatien) unter besonderer Berücksichtigung der distanzierten Kirchlichkeit“. Disertacija je objavljena na njemačkom jeziku 1982. godine u nizu Studien zur Praktischen Theologie, Band 24. 1981. godine vraća se u Hrvatsku, te biva imenovan subsidijarom u župi sv. Luke Travno-Zagreb (1981.-1984.), zatim u župi sv. Mateja u Dugavama-Zagreb (1984.-1986.). Od 1981. do danas predaje na Katoličkom bogoslovnom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu (odsada KBF-u), najprije 1981. na Katehetskom institutu, a zatim od 1982. kao asistent na filozofsko-teološkom šestogodišnjem studiju. U prvih dvadeset godina predaje predmete iz teologije i katehetike. Na istom Fakultetu se habilitirao 1990. godine s knjigom “Hrvatska kršćanska obitelj na pragu XXI. st.”, koja je iste godine tiskana u Zagrebu. Iste godine izabran je za sveučilišnog docenta, 1994. godine za izvanrednog profesora, 2000. godine za redovitog profesora, a 2005. godine za redovitog profesora trajno. Od 1993. godine Pročelnik je Katedre pastoralne teologije, a od 1994. voditelj VI. specijalizacije poslijediplomskog studija na KBF-u, gdje vodi magistarske i doktorske radove. Na njegov prijedlog osnovana je Katedra religiozne pedagogije i katehetike na KBF-u 1996. godine. Bio je i njezin prvi Pročelnik od 1996.-1998. godine. Voditelj je poslijediplomskoga specijalističkog studija «Management neprofitnih organizacija i socijalno zagovaranje»(2003.-). Od 1993.-2000. godine bio je Tajnik Teološko-pastoralnog tjedna za svećenike na KBF-u. Od 1996.-1998. godine bio je član Matičnog povjerenstva za područje humanističkih znanosti, polje filozofije i teologije.
U tri mandata bio je dekan Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu (2002.-2005. i 2007.-2008.. Bio je potpredsjednik Odbora za gradnju nove zgrade Fakulteta( 2002.-2005). Bio je član Radne grupe Senata Sveučilišta u Zagrebu za izradu prijedloga Zakona o znanstveno-istraživačkoj djelatnosti i visokom obrazovanju; član Odbora za poslovanje Senata Sveučilišta u Zagrebu; član Radne skupine za pisanje Statuta Sveučilišta u Zagrebu; član Radne skupine za prosudbu i analizu Zakona o znanstvenoj djelatnosti i visokom obrazovanju Ministarstva znanosti, obrazovanja i športa RH-e. Još uvijek je član Odbora za Statutarna pitanja Sveučilišta u Zagrebu.
Član je Odbora za podjelu državnih nagrada za znanost i istodobno je Predsjednik Stručnog povjerenstva za područje društvenih znanosti (2004.-, već drugi mandat). Bio član Nacionalnog vijeća za visoko obrazovanje (2004.-). Bio je član različitih vijeća Biskupske konferencije i Zagrebačke nadbiskupije, član Pripremnog Povjerenstva Druge sinode zagrebačke nadbiskupije u kojem je bio Voditelj Skupine Mjesto i zadaća župe u Crkvi i društvu za Drugu sinodu Zagrebačke nadbiskupije, a sada je član Povjerenstva za izradu Radnog dokumenta (Instrumentum laboris) Druge sinode Zagrebačke nadbiskupije; član Prezbiterskog vijeća Zagrebačke nadbiskupije. Od 2001. dekretom nadbiskupa Josipa Bozanića imenovan je kanonikom Prvostolnog kaptola zagrebačkog. 2007. godine izabran je za dekana Prvostolnog kaptola. Dekretom nadbiskupa Josipa kardinala Bozanića imenovan je 2008. arhiđakonom Karlovačko-goričkog arhiđakonata.
Član je Konferencije pastoralnih teologa njemačkog govornog područja i član je Udruženja pastoralnih teologa Srednje i Istočne Europe. Svojim izlaganjima sudjelovao je na raznim znanstvenim teološkim skupovima u domovini i inozemstvu. U akad. god. zim. sem. 1992./1993. bio je gost profesor na Teološkoj fakulteti u Ljubljani i Mariboru (na poslijediplomskom studiju). Od 1997.-2001. godine sudjelovao je u međunarodnom znanstvenom projektu “Pastoralna teologija u postkomunističkim zemljama Europe;” od 1997.-2000. godine u multidisciplinarnom projektu “Aufbruch”; od 1998.-2000. u projektu “Kako Hrvati žive i vjeruju?” 2000. godine, zajedno s prof. dr. sc. Perom Aračićem, bio je voditelj europskog istraživanja Priester-2000. Bio je voditelj za Hrvatsku međunarodnog znanstvenoistraživačkog projekta “European Values Study”- 1999.-2002. Zatim od 2003.-2005. voditelj međunarodnog projekta «Komparativna europska studija vrednota: Hrvatska i Europa». Sudjelovao je u međunarodnom projektu «EU-Erweiterung. PosT-Forschungs- und Lernprojekt der mittel- und osteuropäischen Pastoraltheologinnen und Pastoraltheologen“. Sada je voditelj međunarodnog znanstvenog projekta „Europsko istraživanje vrednota: Hrvatska u Europi“ (2007.-).