Početci poslijediplomskoga studija Sveučilišta u Zagrebu vezani su uz filozofsko-teološki studij. Pritom valja podsjetiti da se, iako je Akademija na Griču kojom su upravljali isusovci bila Leopoldovom poveljom (od 23. rujna 1669.) izjednačena s povlasticama generalnih studija u zemljama habsburške krune, sve do ukinuća Družbe Isusove (1773.) nisu dijelili naslovi bakalaureata, licencijata i doktorata. Govoreći o dosadašnjim iskustvima, a imajući u vidu spomenutu godinu ukinuća Družbe Isusove, može se reći da to iskustvo provođenja poslijediplomskoga filozofsko-teološkoga studija Sveučilišta u Zagrebu traje 242 godine.  Prati li se to iskustvo od osnutka modernoga hrvatskoga Sveučilišta (1874.) na liniji periodičnih ratio studiorum crkvenoga ustrojstva (npr. 1935. i 1979.), sa sigurnošću se može reći da se na Fakultetu uz prvi ciklus (bakalaureat, 0+5) izvodi poslijediplomski studij s dva ciklusa za postizanje sukcesivnih akademskih naslova, licencijata i doktorata (2+1).

Taj se Program po odrednici iz naslova, licencijata i doktorata, izdvaja iz poslijediplomskih studijskih programa ostalih sastavnica Sveučilišta u kojima se poslijediplomski studij odnosi samo na doktorat. Najprije valja spomenuti da je studij licencijata (lic. sc.) ekvivalent nekadašnjem studiju magisterija znanosti (mr. sc.). Stoga se postavlja pitanje zbog čega se u tomu Programu uz studij doktorata nalazi i studij licencijata kad je magisterij novim zakonskim ustrojstvom dokinut? Za odgovor na to pitanje treba podsjetiti da je Fakultet kao nositelj Programa, uz to što je u sastavu zagrebačkoga Sveučilišta, istovremeno i crkveno učilište. Njegov se položaj i djelovanje, kao što je već istaknuto, uređuju crkvenim i civilnim normativnim aktima. Pristupajući Bolonjskom procesu, Sveta Stolica, kako se iz konteksta bolonjskih uputa može razabrati, zbog razloga univerzalne prirode nije dokinula studij licencijata. Kao zaključni odgovor na gore postavljeno pitanje treba naglasiti da spomenuta specifičnost toga Programa nimalo ne umanjuje njegovu sinkroniziranost i kompatibilnost s drugim fakultetima unutar zagrebačkoga Sveučilišta te drugih hrvatskih i europskih sveučilišta, a da po crkvenoj osnovi program tim načinom postaje kompatibilnim i na univerzalnom planu.

Važno je još jednom napomenuti da se Program s jedne strane ravna prema svojemu crkvenomu zakonodavstvu, prema drugim crkvenim mjerodavnim dokumentima i najnovijim uputama za Bolonjski proces, a s druge strane prema Zakonu Republike Hrvatske i prema općim i posebnim podzakonskim aktima. Istovremeno, Program se ravna prema Statutu, Pravilniku i odlukama Fakulteta u čije je temelje ugrađena 241 godina iskustva koje je ta najstarija sveučilišna ustrojbena jedinica stekla permanentnom praksom redovitoga organiziranja poslijediplomskoga studija na području teološke znanosti.

Za dublje proučavanje određenoga vida teoloških znanosti, na Fakultetu se izvode sljedeće specijalizacije:

• u filozofiji
• u fundamentalnoj teologiji
• u dogmatskoj teologiji
• u moralnoj teologiji
• u ekumenskoj teologiji
• u pastoralnoj teologiji
• u crkvenoj povijesti.

Doktorski studij traje tri godine, dvije godine kao licencijatski studij te treću godinu kao doktorski studij. Završenim studijem drugoga ciklusa postiže se akademski stupanj licencijata teoloških znanosti. Ispunjavanje studijskih obveza propisanih nastavnim programom donosi 120 ECTS bodova. U trećem ciklusu studenti, pod vodstvom profesora mentora, izrađuju disertaciju za doktorat. Ispunjavanje studijskih obveza propisanih nastavnim programom u trećoj godini donosi 60 ECTS bodova. Završenim studijem doktorata postiže se akademski stupanj doktora teoloških znanosti. Doktoratom iz teologije priznaje se znanstvena zrelost i sposobnost poučavanja na teološkim fakultetima.

Teološki se predmeti imaju predavati u svjetlu vjere pod vodstvom crkvenoga učiteljstva, tako da studenti vjerno crpu katoličku nauku iz božanske objave, duboko prodru u nju, učine je hranom duhovnoga života.