Crkvena je povijest jedna od najstarijih teoloških disciplina i pojavljuje se rano unutar studija teologije. U drugoj polovici 18. stoljeća u isusovačkoj zagrebačkoj Akademiji uveden je studij crkvene povijesti i besjedništva, a prema reformi biskupa Maksimilijana Vrhovca u sjemeništu nalazimo predmet crkvena povijest koji je ostao i nakon reforme nadbiskupa Jurja Haulika sredinom 19. stoljeća. Osnutkom modernog Sveučilišta u Zagrebu 1874. unutar Bogoslovnog fakulteta utemeljena je i Katedra crkvene povijesti i pomoćnih povijesnih znanosti. prvi profesor crkvene povijesti bio je Josip Reiger (1846.-1909.), a nakon njega nalazimo imena zaslužnih profesora: Anton Franki (1844.-1908.), Dominik Premuš (1861.-1934.), Antun Maurović (1851.-1908.), Mirko Marchetti (1866.-1919.), Kamilo Dočkal (1879.-1963.), Julijan Jelenić (1877.-1931.), Janko Šimrak (1883.-1946.), Miho Barada (1889.-1957.). Nakon promjene nastavnog plana Fakulteta iz 1935. godine, a prema apostolskoj konstituciji Deus scientiarum Dominus, povezani su crkvena povijest i kanonsko pravo, posljedično predavanja preuzima Franjo Herman (1882.-1949.). nadalje na Katedri predaju Krunoslav Draganović (1903.-1983.), Josip Buturac (1905.-1993.), Dragutin Kniewald (1889.-1979.), Aleksandar Gahs (1891.-1962.), Gabro Cvitanović (1887.-1955.), Antun Grščić (1913.-1987.), Antun Ivandija (1917.-1997.), Franjo Šanjek (1939.-2019.) i Juraj Kolarić (1938.). Na Katedri je kratko predavala Valerija Macan prvo kao asistent, a potom kao viši asistent do 2014. godine. Danas na Katedri predaju prof. dr. sc. Slavko Slišković, izv. prof. dr. sc. Ana Biočić i izv. prof. dr. sc. Daniel Patafta. 

Profesori Katedre ostavili su značajan trag u znanosti kao autori vrijednih djela.  Krunoslav Draganović i Josip Buturac autori su prvog udžbenika iz crkvene povijesti Poviest Crkve u Hrvatskoj tiskana 1944. godine. Drugi takav udžbenik napisali su Josip Buturac i Antun Ivandija pod nazivom Povijest Katoličke Crkve među Hrvatima (1973.). Posljednji opsežan udžbenik iz crkvene povijesti Kršćanstvo na hrvatskom prostoru napisao je akademik Franjo Šanjek, a tiskala Kršćanska sadašnjost (1996.). Treba spomenuti i udžbenik iz opće povijesti Crkve Julijana Jelenića Poviest Hristove Crkve, koja u tri sveska obrađuje povijest Crkve do 1054. godine. Od drugih značajnijih djela profesora s Katedre crkvene povijesti ističu se djela Janka Šimraka Grkokatolička crkva u Jugoslaviji (1931.); Antuna Ivandije Crkvena umjetnost u Hrvatskoj: sakralna umjetnost u sjevernoj Hrvatskoj (1971.), napisana u koautorstvu s hrvatskim povjesničarom umjetnosti Duškom Kečkemetom, zatim knjiga Josipa Buturca Stanovništvo Požege i okolice od 1700. do 1950. (1967.) i Katolička Crkva u Slavoniji za vrijeme turskog vladanja (1970.). Od radova akademika Franje Šanjeka treba spomenuti knjige: Bosansko-humski krstjani i katarsko-dualistički pokret u srednjem vijeku (1975.), Crkva i kršćanstvo u Hrvata (1988.), Bosansko-humski krstjani u povijesnim vrelima (2003.), Latinska paleografija i diplomatika (2004.) i Dominikanci i Hrvati (2008.). Juraj Kolarić autor je monografskog djela Ekumenska trilogija (2005.).