PATAFTA, Daniel, Franjevačko 13. stoljeće. Povijest, teologija duhovnost, Kršćanska sadašnjost, Zagreb, 2018., 465 str.
PATAFTA, Daniel, Društvo sv. Rafaela – prvi pokušaj organiziranja pastoralnog rada za hrvatsko iseljeništvo, u: Croatica Christiana Periodica, 46 (2022) 89, 137-156.
PATAFTA, Daniel, Katolički svećenik između Crkve i države od 18. do početka 20. stoljeća, u: Bogoslovska smotra, 92 (2022.) 3, 503-533.
PATAFTA, Daniel, Politički subjekti u odnosu prema reformnom pokretu i starokatolicizmu – političko djelovanje radi slabljenja Katoličke Crkve u Kraljevini SHS-u do 1929. godine (II.), u: Diacovensia, 29 (2021.) 1, 27-42.
PATAFTA, Daniel, Tomislav J. Šagi – Bunić i Bonaventura Duda. Prijateljstvo u službi koncilske obnove, u: Bogoslovska smotra, 91 (2021.) 1, 31-50.
PATAFTA, Daniel Franciscan Order from Reform of Fr. Paolo a Trinci to the Division of the Order under Pope Leo X (1368-1517) in Franciscan sources, u: Služba Božja, 61 (2021.) 2, 214-256.
PATAFTA, Daniel, Politički subjekti u odnosu prema reformnom pokretu i starokatolicizmu – političko djelovanje radi slabljenja Katoličke Crkve u Kraljevini SHS do 1929. godine (I.), u: Diacovensia, 28 (2020.) 4, 499-518.
PATAFTA, Daniel – MATIJEVIĆ, Zlatko, Hrvatski katolički seniorat (1913. – 1941.).Osnovne značajke od osnutka do raspuštanja u: Croatica Christiana periodica, 44 (2020.) 85, 133-146.
PATAFTA, Daniel, Teofil Josip Harapin (1883-1944) – uno dei primi professori della Pontificia Università Antonianum e cofondatore della rivista Antonianum, u: Antonianum, 95 (2020.) 4, 781-834.
PATAFTA, Daniel, Croatian Franciscans at the Frontier between Christianity and Islam from the 15th to the 17th Century, u: Edinost in dialog. Revija za ekumensko teologijo in medreligijski dialog, 75 (2020.) 1, 197-220.
PATAFTA, Daniel, Razvoj teoloških i filozofskih studija u Zagrebu od XIII. stoljeća do osnivanja Sveučilišta u Zagrebu. Povijesni korijeni Katoličkoga bogoslovnog fakulteta, u: Bogoslovska smotra, 90 (2020.) 1, 37-60.
PATAFTA, Daniel, “Stenjevečki slučaj” i Šaptinovci – primjeri prelaženja u Hrvatsku starokatoličku crkvu, u: Croatica Christiana periodica, 43 (2019.) 1, 143-170.
PATAFTA, Daniel, Franjevci u Senju – od konventualaca do opservanata, u: Senjski zbornik: prilozi za geografiju, etnologiju, gospodarstvo, povijest i kulturu, 46 (2019.), 137-158.
PATAFTA, Daniel, Razvoj štovanja sv. Josipa u Crkvi do Drugog vatikanskog sabora – teološka polazišta i pobožnost, u: Služba Božja, 59 (2019.) 3, 270-291.
PATAFTA, Daniel, Ivan Rafael Rodić – Franciscan and Archbishop of Belgrade, u: Review of Croatian history, 14 (2018.) 1, 267-294.
PATAFTA, Daniel, Dva franjevačka priručnika iz 18. stoljeća za franjevačke svjetovnjake, u. Zbornik Odsjeka za povijesne znanosti Zavoda za povijesne i društvene znanosti Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti, 36 (2018.), 93-118.
PATAFTA, Daniel, Reformna gibanja i starokatolicizam u Dalmaciji, u: Služba Božja, 58 (2018.) 3, 319-351.
PATAFTA, Daniel, Dr. sc. o. Teofil Josip Harapin (1883.-1944.), u: Teofil Harapn: Poviest filozofije staroga vieka, Horvat, Saša; Mijatović, Franjo; Patafta, Daniel (ur.),
Zagreb: Hrvatska franjevačka provincija sv. Ćirila i Metoda, Katolički bogoslovni fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Kršćanska sadašnjost, 2023. str. 9-49.
PATAFTA, Daniel, Vukovarski franjevci na početku “dugoga” 19. stoljeća – vrijeme revolucionarnih promjena, u: Kronika Franjevačkog samostana u Vukovaru. Knjiga II (1781. – 1826.), Elez, Petar; Jagodić, Ivica (ur.). Vukovar: Državni arhiv u Vukovaru, Franjevački samostan Vukovar, 2022. str. XV-XLIII.
PATAFTA, Daniel, Katolicizam i europski populizam između dva svjetska rata, u: Populizam u medijima i politici, Veselinović, Velimir (ur.). Zagreb: Despot infinitus, 2022. str. 196-224.
PATAFTA, Daniel, Olovski tragovi u Iloku u 18. stoljeću, u: Gospina Bosna – pod okriljem “Rajske Djeve”, Kovač, Nedjeljka s. Valerija; Patafta, Daniel (ur.). Zagreb: Katolički bogoslovni fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Kršćanska sadašnjost, 2022. str. 105-120.
PATAFTA, Daniel, Franjevački red i formiranje rimskog brevijara, u: Canite et psallite. Zbornik u čast prof. mr. art. Miroslava Martinjaka povodom 70. godine života, Koprek, Katarina (ur.), Zagreb: Katolički bogoslovni fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Kršćanska sadašnjost, 2021. str. 172-195.
PATAFTA, Daniel, Reformna djelatnost Jeronima (Dragutina) Tomca u Rijeci (1919. – 1920.), u: Nova et Vetera – Crkva, Kvarner i kultura. Zbornik u čast izv. prof. dr. sc. Franje Velčića u povodu 65. godine života, Medved, Marko (ur.), Zagreb: Katolički bogoslovni fakultet Sveučilišta u Zagrebu, 2021. str. 215-230.
PATAFTA, Daniel, Solidarnost, krize, sukobi i raskoli u Reformnom pokretu i Hrvatskoj starokatoličkoj crkvi, u: Krize, sukobi i solidarnost u perspektivi crkvene povijesti (od srednjeg vijeka do suvremenosti) Zbornik radova sa V. Kongresa hrvatskih povjesničara Zadar, 6. – 9. listopada 2016. godine, Biočić, Ana (ur.). Zagreb: Katolički bogoslovni fakultet Sveučilišta u Zagrebu ; Kršćanska sadašnjost, 2021. str. 127-166.
PATAFTA, Daniel, Prisutnost i uloga franjevaca od odlaska Osmanlija i dolaska franjevaca u Vukovar u okviru franjevačkih provincija Bosne Srebrene i sv. Ivana Kapistranskoga, u: Franjevci u Vukovaru – povijest, duhovnost i baština, Živić, Dražen; Jagodić, Ivica (ur.), Vukovar – Zagreb: Franjevački samostan Vukovar, 2020. str. 45-62.
PATAFTA, Daniel, Katolički tisak o slobodnom zidarstvu u međuratnoj Jugoslaviji (1918.-1940.), u: Vojska Bezgrešne i masonerija. Zbornik radova međunarodnog znanstvenog simpozija, Blažević, Josip; Šimunović, Josip (ur.). Zagreb: Veritas, 2020. str. 137-178.
PATAFTA, Daniel, Blažena Djevica Marija u franjevačkoj teologiji i duhovnosti, u: Vera imago G. V. Mariae Tarsactensis. Zbornik radova sa znanstvenog skupa, Vicelja – Matijašić, Marina (ur.), Rijeka: Filozofski fakultet Sveučilišta u Rijeci, 2019. str. 173-190.
PATAFTA, Daniel, Conclusions of the Fourth Lateran Council in the Writings of Saint Francis Assisi, u: The Fourth Lateran Council: an event that transformed Europe, Majnarić, Ivan; Patafta, Daniel; Jerković, Marko (ur.). Zagreb: Kršćanska sadašnjost, 2019. str. 177-232.
PATAFTA, Daniel, Franjevački red u doba Nikole Tavelića, u: Sv. Nikola Tavelić mučenik – njegovo vrijeme i trajna poruka : zbornik radova četvrtog međunarodnog znanstvenog skupa “Franjevački velikani” o Sv. Nikoli Taveliću, Šibenik, 20. – 21. listopada 2017., Patafta, Daniel; Kovač, Nedjeljka s. Valerija (ur.), Zagreb: Katolički bogoslovni fakultet Sveučilišta u Zagrebu; Hrvatska franjevačka provincija sv. Ćirila i Metoda; Hrvatska Provincija sv. Jeronima franjevaca konventualaca, 2019. str. 27-45.
PATAFTA, Daniel, Nadbiskup dr. Antun Bauer prema reformnom pokretu dijela katoličkog nižeg klera (1919.-1923.), u: Da život imaju. Zbornik u povodu 70. rođendana kardinala Josipa Bozanića, Cifrak, Mario; Razum, Ružica ; Malović, Nenad; Barišić, Anto (ur.), Zagreb: Katolički bogoslovni fakultet Sveučilišta u Zagrebu; Kršćanska sadašnjost, 2019. str. 715-752.