Josip Šimunović rođen je u Zagrebu 17. travnja 1971. godine od roditelja Josipa i +Ane r. Koren. Osnovnu školu pohađao je u Zagrebu. Nakon završenog osmog razreda upisuje Interdijecezansku srednju školu za spremanje svećenika na Šalati. Nakon odsluženja vojnog roka u Pirotu, primljen je u Nadbiskupsko bogoslovno sjemenište u Zagrebu kao kandidat za Zagrebačku nadbiskupiju. Iste godine upisao je filozofsko-teološki studij na Katoličkom bogoslovnom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu na kojem  je diplomirao 13. srpnja 1995. godine i dobio naslov diplomiranog teologa. Nakon svećeničkog ređenja 29. lipnja 1996. godine, u akademskoj godini 1996./97., upisao je poslijediplomski studij religiozne pedagogije i katehetike na Katoličkom fakultetu Sveučilišta u Beču. Na istoimenom Fakultetu, 1. lipnja 1999. godine, poslije obranjene doktorske dizertacije „Der Religionsunterricht an den Schulen in Kroatien. Seine Entwicklung seit 1989“ (210 str.) koja je napisana pod vodstvom prof. dr. Wolfganga Langera, profesora religiozne pedagogije i katehetike i prof. ddr. Paula Michaela Zulehnera profesora pastoralne teologije te položenog zadnjeg ispita (Rigorosuma) iz religiozne pedagogije i katehetike te pastoralne teologije, postiže akademski stupanj doktora teologije. Za doktora teologije promoviran je 15. svibnja 2000., na Katoličkom fakultetu Sveučilišta u Beču. Doktorska diploma nostrificirana je 29. studenoga 2000. godine na Katoličkome bogoslovnom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu.

Po povratku iz Beča, godinu dana bio je privremeni župni vikar u župi Sv. Leopolda B. Mandića, u zagrebačkom naselju Voltino – Ljubljanica i godinu dana tajnik zagrebačkog nadbiskupa, mons. Josipa Bozanića. Od jeseni 2001. godine pastoralni je suradnik u župi Pohoda BDM na Dolcu i katedralni ceremonijar. Katedralni ceremonijar je do veljače 2012. godine.

U ljetnom semestru akademske godine 2000./2001. kao honorarni nastavnik počeo je predavati kolegij Proseminar s katehetskom temom Vjeroučitelj danas na prvoj godini Katehetskog instituta Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Od akademske godine 2001./2002. zaposlen je na Katoličkom bogoslovnom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu na kojem predaje kolegije: Fundamentalni pastoral, Pastoral sakramenata, Pastoral braka i obitelji, Oblici župnog pastorala (izborni kolegij), seminar, proseminar te kolegije na poslijediplomskom studiju.

U akademskim godinama 2001./2002. i 2002./2003., bio je koordinator u ime Katehetskog ureda Zagrebačke nadbiskupije na Teološko-katehetskom doškolovanju odgojiteljica u vjeri u predškolskim ustanovama te predavač na istom.

Aktivno sudjeluje na katehetskim školama, seminarima i raznim oblicima permanentnog obrazovanja vjeroučitelja organiziranih od strane Ministarstva znanosti, obrazovanja i športa, Agencije za odgoj i obrazovanje Republike Hrvatske, Nacionalnog katehetskog ureda HBK, te Katehetskog ureda Zagrebačke nadbiskupije, danas Ureda za vjeronauk u školi Zagrebačke nadbiskupije. Vodi duhovne vježbe za vjeroučitelje. Organizirao je i pripremao regionalna, nadbiskupijska i nacionalna natjecanja učenika iz školskog vjeronauka – Vjeronaučne olimpijade. Nastupa na Prvom programu Hrvatskog radija, Hrvatskom katoličkom radiju i Radio Mariji na kojem vodi jednom mjesečno vlastitu emisiju „Moj život u vjeri“ tumačenje Katekizma Katoličke Crkve, dokumenata Drugoga vatikanskog koncila i ostalih dokumenata Crkvenoga učiteljstva. Od srpnja 2021. godine svake srijede ima petominutne jutarnje meditacije na Radio Sljemenu u emisiji „Hvaljen Isus i Marija“.

Član je Vijeća za katehizaciju i novu evangelizaciju pri Hrvatskoj biskupskoj konferenciji, Povjerenstva za trajnu formaciju djelatnika katoličkih škola, Povjerenstva za polaganje stručnog ispita vjeroučitelja osnovnih i srednjih škola, PosT Netzwerk der mittel-und osteuropäischen Pastoraltheologinnen und Pastoraltheologen, Povjerenstva za recenziranje vjeronaučnih udžbenika (imenovan od strane Ministarstva znanosti, obrazovanja i športa), Prezbiterskog vijeća Zagrebačke nadbiskupije, Tajništva za pripremu Druge sinode Zagrebačke nadbiskupije. Od jeseni 2004. do jeseni 2012. godine bio je član  Povjerenstva za natječaje na Fakultetu, a od jeseni 2008. do jeseni 2014. godine bio član  Povjerenstva za razredbene ispite. Od veljače 2007. godine zamjenik je predstojnika Katehetskog instituta Katoličkoga bogoslovnog fakulteta, član Vijeća Katehetskog instituta Katoličkoga bogoslovnog fakulteta. Predsjednik Državnog povjerenstva za provedbu Natjecanja učenika i učenica osnovnih i srednjih škola – Vjeronaučne olimpijade od 2008. do 2010. godine. Od rujna 2009. do rujna 2010. bio član  Povjerenstva za organizaciju Teološko pastoralnog tjedna. Od rujna 2009. do listopada 2016. godine član je Knjižničnog vijeća Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu. Od studenoga 2009. do listopada 2013. godine bio je Predstojnik Katehetskoga instituta Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu (dva mandata od dvije godine).

Od jeseni 2001. pa do ljeta 2006. godine bio je zamjenik Predstojnika Katehetskog ureda Zagrebačke nadbiskupije.

Od jeseni 2014. do jeseni 2020. godine ravnatelj je Nadbiskupijskoga pastoralnog instituta Zagrebačke nadbiskupije i voditelj Đakonske pastoralne godine.

Do sada je biran u suradnička zvanja i u znanstveno-nastavna zvanja na Katoličkom bogoslovnom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu kako slijedi:

Za znanstvenog novaka postdoktoranda višeg asistenta zbog istraživačkog rada na međunarodnom znanstveno-istraživačkom projektu Europsko istraživanje vrednota (203003) te zbog sudjelovanja u nastavi pri Katedri pastoralne teologije Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu Odlukom Fakultetskog vijeća KBF-a od 25. siječnja 2002. godine na mandat od tri godine.

U znanstveno-nastavno zvanje i na radno mjesto docenta iz područja humanističkih znanosti, polja teologije i grane pastoralne teologije na Katedri pastoralne teologije Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu Mišljenjem matičnoga povjerenstva iz područja humanističkih znanosti za polje filozofije i teologije od 15. srpnja 2004. godine i Odlukom Fakultetskog vijeća KBF-a od 16. srpnja 2004. godine izabran je na mandat od pet godina.

U znanstveno-nastavno zvanje i na radno mjesto izvanrednog profesora iz područja humanističkih znanosti, polja teologije i grane pastoralne teologije na Katedri pastoralne teologije Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu Odlukom Fakultetskog vijeća KBF-a od 25. rujna 2009. godine izabran je na mandat od pet godina i Potvrdom Vijeća društveno-humanističkoga područja od 16. prosinca 2009. godine.

Matični odbor za područje humanističkih znanosti – polje filozofije i teologije dana 17. veljače 2015. godine izabrao ga je u znanstveno zvanje znanstvenog savjetnika.

U znanstveno-nastavno zvanje i na radno mjesto izvanrednog profesora (reizbor) iz područja humanističkih znanosti, polja teologije i grane pastoralne teologije na Katedri pastoralne teologije Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu Odlukom Fakultetskog vijeća KBF-a od 15. travnja 2015. godine izabran je na mandat od pet godina i Potvrdom Vijeća društveno-humanističkoga područja od 20. svibnja 2015. godine.

U znanstveno-nastavno zvanje i na radno mjesto redovitog profesora (I. Izbor) iz područja humanističkih znanosti, polja teologije i grane pastoralne teologije na Katedri pastoralne teologije Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu Odlukom Fakultetskog vijeća KBF-a od 29. rujna 2017. godine izabran je na mandat od pet godina i Potvrdom Senata Sveučilišta u Zagrebu od 17. listopada 2017. godine.

Matični odbor za područje humanističkih znanosti – polje filozofije i teologije dana 10. veljače 2023. godine izabrao ga je u znanstveno zvanje znanstvenog savjetnika u tajnom zvanju.

U znanstveno-nastavno zvanje i na radno mjesto redovitog profesora u trajnom zvanju iz područja humanističkih znanosti, polja teologije i grane pastoralne teologije na Katedri pastoralne teologije Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu izabran je Odlukom Fakultetskog vijeća KBF-a od 24. veljače 2023. godine i Potvrdom Senata Sveučilišta u Zagrebu od 21. ožujka 2023. godine.

Upisan je u Upisnik znanstvenika u Ministarstvu znanosti, obrazovanja i športa Republike Hrvatske od 2004. godine do danas pod brojem 246270 u znanstveno-nastavnom zvanju redovitog profesora iz područja humanističkih znanosti i znanstvenog polja teologije.

Kao istraživač od 2002. – 2006. godine sudjelovao je u trećem valu međunarodnog projekta „Europsko istraživanje vrednota: Hrvatska i Europa“ – EVS 1999/2000, odobrenog od MZOŠ-a (šifra 203003). A od 2007. – 2014. godine kao istraživač sudjelovao je i u četvrtom  valu  međunarodnog projekta „Europsko istraživanje vrednota: Hrvatska u Europi“ – EVS 2008 financiranog od MZOŠ-a (šifra 203-1941533-0734). U istom svojstvu od 2015. godine sudjeluje i u petom valu European Values Study – EVS – 2017.

Od jeseni 2014. do lipnja 2018. član je Školskog odbora Nadbiskupske klasične gimnazije u Zagrebu, a od 1. rujna 2018. do 24. veljače 2023. godine predsjednik Školskog odbora Nadbiskupske klasične gimnazije u Zagrebu.

2016. godine kao istraživač sudjeluje na projektu „Religioznost zagrebačkih adolescenata“.

Od siječnja 2015. godine član je Hrvatske sekcije europskoga društva za katoličku teologiju.

Član je Društva bivših studenata Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.

Od jeseni 2016. godine član je Druge sinode Zagrebačke nadbiskupije, predsjednik Pastoralne komisije Druge sinode Zagrebačke nadbiskupije te član Komisije za organizatorska pitanja Druge sinode Zagrebačke nadbiskupije.

Za akademske godine 2018./2019. i 2019./2020. član je Povjerenstva za poslijediplomski specijalistički studij te član Stegovnog suda za studente KBF-a Sveučilišta u Zagrebu.

Od 26. lipnja 2018. godine član je Povjerenstva Zagrebačke nadbiskupije za dodjelu mandata vjeroučiteljima.

Od 1. lipnja 2019. godine v.d. pročelnika Katedre pastoralne teologije na Katoličkom bogoslovnom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu.

Prebendarom Prvostolne crkve zagrebačke imenovan je 2. listopada 2019. godine. U Zboru prebendara Prvostolne crkve zagrebačke vrši službu vicedekana.

Od 29. studenoga 2019. godine je pročelnik Katedre pastoralne teologije na Katoličkom bogoslovnom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu.

Od 24. veljače 2020. godine član je Povjerenstva za trajnu formaciju djelatnika katoličkih škola pri Nacionalnom uredu za katoličke škole Hrvatske biskupske konferencije.

Od 11. ožujka 2021. Dekan je Katoličkoga bogoslovnog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu.

U ljetnom semestru akademske godine 2022./2023. bio je v.d. pročelnika Katedre liturgike.

Od 13. travnja 2023. godine član je Povjerenstva za katoličke škole i predškolske ustanove Zagrebačke nadbiskupije.